Karnitin orta-uzun yağ asit zincirlerinin mitokondri zarından geçişine aracılık eder, oksidasyonu kolaylaştırarak enerji üretimine katkıda bulunur. Ayrıca, toksik bileşenlerin mitokondri dışına taşmasını kolaylaştırarak birikmesini önler.

Vücutta yağın yıkımına ve vücuttan uzaklaştırılmasına yardımcı olur çünkü, yağ asitlerinin sitozolden mitokondriye taşınmasında görevlidir.

L-Karnitin serbest olarak vücutta bulunan yağın mitokondriye transfer edilerek yıkımını ve enerji kaynağı olarak kullanımını arttırır. Böylece yağın yakılarak enerji olarak kullanımını sağlar. L-Karnitin selülit tedavisinde ve zayıflamada (Bölgesel İncelme Tedavilerinde) kullanılır. Vücutta depo edilen yağın, fiziksel aktivite esnasında metobolize olarak enerjiye çevrilmesinde katkıda bulunur.